由于养殖业发展越来越快，孵化技术也越发先进，病种也层出不穷，所以在孵化时就做好对种蛋的处理，减少细菌和病毒病的繁殖与传播。
　种蛋的保存:
　种蛋的保存温度和保存时间直接直接影响到小鸡的孵化率，因此，种蛋的正确、合理的贮存是孵化工作中的重要环节。生理零点是胚胎发育的最低温度，也称其为临界温度。新产下的禽蛋，只要保存在其生理零点以下，就可以在一段时间内保持生命力。种蛋保存的要求：鸡、鸭、鹅蛋在T=12.5度，RH=75%条件下保存1周以内.
　种蛋的消毒:
　禽蛋产入蛋窝时，蛋壳表面会沾染上很多细菌和病毒，这些细菌和病毒在适宜的条件下大量繁殖。种蛋受到污染不仅影响其自身的孵化，而且污染孵化设备，传播各种疾病。种蛋消毒的原则,一要对实行消毒的工作人员无害，二要不损伤种蛋胚胎，三杀灭细菌和病毒要干净彻底，种蛋的消毒方法有熏蒸消毒法、喷雾消毒法.
　种蛋孵化的温度:
　在家禽孵化中,种蛋质量是内因,孵化温度是主要的外因,只有合格的种蛋才能孵出健康的雏禽,而有了合格的种蛋,没有保证胚胎正常发育所需的适宜温度,也不能获得高孵化率和优质雏禽。孵化的温度分“蛋温”和“给温”,“蛋温”是指种蛋的表面温度，“给温”是指孵化机内空间的温度，“蛋温”和“给温”是不一样的.
　种蛋孵化的湿度:
　胚胎发育对环境湿度的的要求比较宽,一般说来40%-70%。但一定要严防高温高湿，高温高湿很容易闷热死胚胎。适当的湿度使孵化初期胚胎受热均匀，孵化后期有利于胚胎散热，出雏时空气中的水份与二氧化碳作用，使蛋壳变脆，有利于破壳出雏。胚胎发育对环境湿度的的要求比较宽,一般要求40%-70%。但一定要严防高温高湿。
　孵化的换气与输氧:
　种蛋孵化前期，胚胎气体代谢微弱，需氧量较小，孵化4天后逐渐加强，孵化到18天时，每720只鸡胚胎的呼吸量，相当于一个人的呼吸量。孵化至啄壳时，尿囊绒毛功能减退，转为肺呼吸，需氧量剧增。有人测定每个胚胎的耗氧，孵化初期为0.51mL/小时，孵化17天为17.34mL/小时，孵化20-21天为0.1-0.15L/小时。整个孵化期需氧量4-4.5L.
　翻蛋与凉蛋:
    禽类在自然孵化中，孵化的母禽每小时用喙翻蛋3-5次，它不但把种蛋翻了一个角度，还把窝边的种蛋挪到窝中间，使其受热均匀。这是动物的自然本性。因蛋黄的脂肪比蛋白多，比重比蛋白轻，蛋黄始终浮在蛋白上面，如果长时间不翻蛋，蛋黄上的胚胎就容易和壳膜粘连。翻蛋的主要目的是改变胚胎与壳膜接触的位置，防止粘连；促进胚胎运动，有利于胚胎血管的发育；保持卵黄曩与羊膜腔的良好位置，有利于胚胎吸收蛋白。