由于鸡病毒性疾病的临床症状往往都是在病毒增殖高峰过后才出现，这时用药效果往往不明显，所以对于病毒性疾病必须以疫苗预防为主。一旦发病，应力争在发病早期用药，才能取得较好的治疗效果。首选宜用疫苗、抗体或干扰素治疗，其次为西药或中药，也可中西药物配合使用，但要注意，疫苗应单独使用，不宜与其他药品同时使用。
    疫苗  主要用于鸡的各种病毒性疾病的预防，可分为活毒疫苗和灭活疫苗。有一些活毒疫苗，如鸡新城疫疫苗和鸡痘疫苗等，在鸡群刚发病时进行紧急免疫接种，可收到良好的防治效果。
    高免蛋黄抗体或抗血清  对某些病毒性疾病早期应用具有很好的治疗效果，目前已用于生产的有鸡传染性囊病蛋黄抗体、鸡传染性囊病-新城疫二联高免蛋黄抗体或血清等。
    干扰素  可用来防治鸡的各类病毒性疾病，具有效果明显、无停药期和无任何残留等特点。当家禽发生病毒性疾病而不能在短时间内确诊时，立即使用干扰素可在短时间内控制疫病的流行，有效降低死亡率。
    金刚烷胺  主要适用于对家禽流感的防治，与抗菌药合用，可较好地控制细菌性继发感染。使用时用量不宜过大，否则易引起鸡的神经症状。
    病毒唑  又名利巴韦林、三氮唑核苷，临床上主要用于防治禽流感、鸡传染性支气管炎和传染性喉气管炎等。
    中药制剂  许多中草药及复方制剂具有抗病毒作用，这些中草药可直接抑制或杀灭病毒，从而达到治疗病毒性疾病的目的。据有关资料报道，利用不同的复方中药抗病毒合剂，治疗鸡的传染性囊病、肾型或腺胃型传染性支气管炎、鸡痘等，都取得了良好的效果。