因为呼吸道的粘膜纤毛系统可以有效的清除病原微生物和颗粒物，有些病毒性传染病可引起呼吸道局部纤毛脱落和感染细胞溶解，进而引起细胞污物及其碎片的聚集，这为细菌繁殖及细菌接触宿主细胞创造了有利条件。所以，在治疗病毒感染的过程中一定要控制细菌的感染。
    正常情况下，在气管粘膜的表面有一层纤毛，细菌是进不来的，那么，机体发病细菌又是怎样进来的呢？主要是上皮细胞不完整、缺损导致的。主要是H9禽流感、传支、支原体导致纤毛失去作用，出现炎性物质，在呼吸道疾病开始的最早期就会出现吭哧、甩鼻。上皮细胞受损后，就会有更多的炎性渗出物，再加上从肺脏过来的痰液，鸡只便开始呼噜，随着病程的发展，痰液+死亡的细胞碎片共同形成了栓塞。治疗原则如下：
    1.修复粘膜、提升免疫力：
    在呼吸道疾病早期，多为上呼吸道的感染，对于上呼吸道的修复药物就是黄芪、双花、麦冬、生甘草、沙参、麦冬，桔梗等；当机体有病时，尤其是上呼吸道的感染，治疗呼吸道时着重考虑的是修复粘膜。
    2.分解炎性渗出物
    用野菊花、蒲公英、紫花地丁等分解炎性渗出物；氨茶碱扩张气管，疏通堵塞，改善微循环。
    3.消炎：
    对于上呼吸道的感染，泰乐菌素或红霉素都可以控制支原体，但对于衣原体无效，要同时配合治疗衣原体的药物（阿奇霉素、氯霉素）。
    4.针对霉菌感染引起的呼吸道疾病用制霉菌素喷雾对呼吸道效果很好。
    当鸡群出现咔咔、呼噜（类似青蛙）时为呼吸道的中期，此时为喷雾给药的最佳时机，因为此时气体上形成泡沫样的分泌物，如果不喷雾，饮水最大的难点就是吸收的问题，给药浓度不够，对于气囊炎的治疗，最好的方法就是喷雾给药。
    喷雾给药的具体操作作用细节如下：
    首先，要求药物对呼吸道粘膜无刺激，不损伤呼吸道粘膜。
    其次，对雾滴的要求，一般要求控制微粒的粗细。微粒愈细进入肺部愈深，微粒较粗，大部分落在上呼吸道粘膜表面，不能进入肺部，因而药效差。一般要求，进入肺部直径以40微米以下为佳。喷雾设备的选择尤为重要，达不到要求的喷雾设备不但达不到效果，有的还会引起异物性肺炎，加重死亡。
    控制雾滴的均匀度：所有雾滴在下降的过程中，有一部分会随着空气蒸发，一部分可能在下降的过程中相互结合变成重大的雾滴而不利于进入肺部，所以我们加入保护剂，防治雾滴的蒸发和融合，以保证药物的最大疗效。
    在喷雾给药时注意保温、保湿，延长药物作用时间。冬季要求舍内温度高于正常温度1-2度，湿度以65%-70%为宜。
    药物稀释：要求水质干净；春、秋、冬季水温高于鸡舍温度，以38-40度即可，夏季常温即可。药物兑水按说明，晚上进行。
    喷雾给药时，要关闭舍内的灯。喷雾器喷头应距鸡头上方30cm处，喷头朝斜上方喷出。喷雾结束后间隔半小时即可打开通风设施。一定注意操作者的个人防护，如戴口罩等，某些药物（如恩诺沙星）吸入很少剂量对人体产生损害或者过敏体质人群接触到过敏原引起休克。