现代养殖模式扰乱了这种平衡。种鸡饲养在一个环境中，种蛋在另一孵化场中孵化，而雏鸡在远离种鸡的环境中饲养。于是人们通过接种疫苗调节种鸡的免疫来最大限度的适应肉鸡生产的需要。使用疫苗也存在一定的风险，个体短时间内接种不同的疫苗产生的相互干扰、免疫时机体存在隐性感染以及接种操作不当等因素会带来严重的疫苗应激和疫苗反应，给肉鸡的饲养管理带来负面的影响。所以恰当地使用疫苗对于保障肉鸡的健康至关重要。
      1曰龄：孵化出壳24小时内，马立克疫苗1羽份皮下注射。
　　4曰龄：肾传弱毒苗、传支H120，2倍量饮水或点眼。
　　7曰龄：马立克疫苗1羽份皮下注射（AA鸡、爱维茵、红宝等快速型肉鸡可免）。
　　8曰龄：新城疫Ⅱ系2倍或Ⅳ系苗1.5倍量饮水或滴鼻点眼。
　　10曰龄：预防新城疫用Ⅳ系苗，使用方法：滴鼻或滴眼。新城疫疫区或发病严重鸡场，可将活疫苗与灭活苗同时使用，即用1头份活疫苗滴鼻，同时新城疫油佐剂灭活苗0.2毫升，肌肉注射。
　　11曰龄：IBD中等毒力苗1倍量滴口或1.5倍量饮水。
　　13曰龄：小鸡三联油乳苗（新城疫、法氏囊、传支二价三联苗）每羽皮下注射0.3—0.5毫升。
　　14曰龄：预防传染性支气管炎，用呼吸型、肾型、腺胃型传染性支气管炎油乳剂灭活苗0.3毫升。使用方法：肌肉注射。
    目前不同国家对于控制支原体和沙门氏菌所采取的措施不尽相同。对种鸡进行支原体的净化已被普遍接受。有些国家政府制定严格的支原体监控计划，种鸡群测试出支原体阳性即被淘汰。支原体疫苗在蛋鸡中广泛使用，但并不提倡在肉鸡中使用此类疫苗。尽管如此，在某些地区也曾报道，在种鸡中使用支原体疫苗可以降低支原体在肉鸡群中传播的可能性。