在鸡舍中避免不了有微生物和灰尘的存在，如果鸡吸入这些微生物侵入黏膜便会引起多种疾病。病原微生物附着在灰尘上对鸡群造成的传染叫灰尘传染，附着在微小水滴上所造成的传染叫飞沫传染。在自然界以灰尘传染多，舍内则以飞沫传染为主。影响鸡舍内空气中微生物数量的主要因素为：鸡群的饲养方式、饲养密度、饲料饲喂形式、照明制度，是否使用垫草以及厚度等。如鸡舍内湿度较大，灰尘较多，空气流动较慢，就会造成微生物含量较多。
    为减少舍内微生物数量，防止传染病的传播。需要建立严密的防疫制度，并把防疫工作放在首位；鸡场尽可能采用“全进一全出”制，定期清扫，冲洗和消毒；日常管理中注意通风，减少舍内灰尘和水汽以及有害气体；及时清粪和排出污水，不使其在舍内有分解机会。 一般认为，鸡舍每立方米空气中微生物不应高于25万～30万个；笼养雏鸡每立方米空气中微生物总数为13万个时，其中大肠杆菌群超过1.5％，可引起临床大肠杆菌病，必须采取预防措施。