种鸡群的支原体净化不良会使鸡长期带菌排毒而并不发病，或者使鸡产蛋率下降，该病病原体会在某种周期性或条件性下骤增，还可能与地方流行性或传播途径及方式的改变有关。
    就临床表现和危害论，滑液囊支原体可以发生于各个日龄段的蛋鸡，所引起的呼吸道症状并不明显，主要的还是导致传染性的滑膜炎。这是一种由急性到慢性的过程性疾病，受害部位在关节的滑液囊膜及腱鞘，引起渗出性炎症，出现飞关节肿胀、热痛、跛行、甚至站立不起，从而造成雏鸡、青年鸡生长发育受阻，产蛋鸡生产性能下降，鸡群的残次率增加，严重的可至新城疫、传支、大肠杆菌继发感染而死亡。
    该病可以经种蛋垂直传播，也能接触传染，还可由非SPF鸡胚制造的疫苗感染。有资料显示，自然感染的潜伏期比较长，大约是24天～80天。同舍不同笼的鸡能彼此水平传播，急性发病多在3～16周龄（早期文献和临床记载是9～12周龄多发）；经蛋传播的最早可见于1周龄。据笔者对河北的蠡县、阳原、天津的蓟县、河南的林州、山东的苍山、山西的大同等地一些鸡场的了解；饲养管理条件较以前已有大的改善，所用疫苗（厂家、品牌、剂型、接种程序）没有大的变更，而少数种鸡场经过严格净化的种鸡群或种蛋所孵化商品代鸡苗的发病率很低，反之则比较高。由此可以判断，种鸡的净化是防控该病的首要环节。
    严格的说，种鸡群应定期进行检测，淘汰阳性鸡。比如，可以小群分群饲养，定时进行血清学检验，有明显的阳性反应鸡，立即淘汰小群全部。还可以对大群鸡进行多次全部或部分的检测；但这样做费时费事代价太大，不是多数种鸡场能通行的办法。
    就现状看，投喂预防性药物是比较多见的防控措施。如强力霉素、链霉素、金霉素、红霉素、土霉素、林可霉素、泰乐菌素、丁胺卡那、壮观霉素、螺旋霉素等，以降低种母鸡带菌率和种蛋污染程度。用药物治疗滑液囊支原体的效果反馈不一，有的能治愈（也许和曾用药、联合用药的过程有关），有的只能缓解。饮水中加入氧氟沙星等喹诺酮类药物（25～50mg?kg）、金霉素和土霉素联用、林可霉素和壮观霉素联用拌料，连用5～7天可以明显的控制缓解症状。但药物治疗不能根除滑液囊支原体，也有耐药性问题和容易复发问题值得顾虑。
    进行全群疫苗注射是比较好的方法。据了解，国外已有灭活苗用于该病的预防，但目前国内尚无可供商业推广使用的相应疫苗用于免疫接种。有报道称，做好针对种鸡群的鸡毒支原体免疫接种，可以提高鸡滑液囊支原体的防控率，这说明滑液囊支原体虽然不同于其他的支原体而是一个独立的种，但毕竟是属于禽类支原体种类（包括鸡毒支原体、滑液支原体、鸡支原体、雏鸡支原体、禽支原体、衣阿华支原体、鸭支原体），疫苗免疫可能存在某种交叉保护力。
    种蛋小批量孵化可以减少新生雏之间的感染几率，但这只能用于高代次种鸡的培育，用于商品代生产成本太高。
    有的种鸡场采用恒温箱45℃经14小时处理种蛋，消灭蛋内支原体的效果较好，也不影响孵化率。但对温度控制和种蛋预热及处理后的安置要求较高，须有足够的经验。多数种鸡场缺少这方面的经验积累。在入孵前将种蛋经福尔马林喷淋消毒，再浸入500～1000mg?L的链霉素或红霉素、四环素溶液中30分钟，然后再入孵，据了解可以有效控制商品代雏鸡发病。也有的做法是，将种蛋放入密闭的存有抗生素溶液的容器中，抽出部分空气，再徐徐放入空气，使药液进入种蛋内。但这样会影响孵化率，也容易造成病原的抗药性。
    搜牧小编提示防控该病的主要做法就是规避鸡舍寒冷潮湿，做好通风等日常管理是防控该病的“必修课”；种鸡舍、孵化器、用具、孵化间、种蛋库、运输车辆、相关人员的卫生消毒隔离也是重要环节，不可忽视。