樱桃谷鸭易发疾病较多，一旦发病，就会造成较大损失。大部分疫病可通过接种疫苗来进行防控，如鸭瘟、禽霍乱、鸭疫里默氏杆菌病等。因此，在日常饲养管理中要加强免疫接种，增强机体特导性抗病能力。在种鸭免疫接种过程中，关键是要减少免疫应激、避免免疫失败，须做到以下几点：
    1.强化科学免疫。根据本场的既往病史和养殖的实际情况选择适当的疫苗，制定科学的免疫程序。对免疫效果差的疫苗要多次加强免疫，以确保获得能起到有效保护作用的抗体水平。对于多日龄多批次混养的鸭场，要加强以禽流感为免疫重点的疫病防控，必须强化对多种型号禽流感的免疫接种工作，确保产蛋期禽流感抗体能起到有效的保护作用。
    2.加强抗体监测。影响疫苗免疫效果的因素很多，如疫苗质量及保存条件、免疫操作、种鸭健康状况等，只有通过抗体监测才能科学评估免疫效果，对免疫不达标的种鸭应及时进行补免。
    3.完善台账记录。做好养殖场的养殖台账记录，将生产过程中所做的工作和遇到的情况进行详细记录，以备遇到问题查找原因和在生产周期结束后进行总结。
    一、强化种鸭保健
    气候突变、免疫接种、饲料更换等外部因素，很容易造成鸭群出现应激反应。应激反应会使鸭群采食量减少、免疫水平降低，从而影响免疫抗体的产生，使鸭群的易感性增强。为降低应激反应的影响，须做到以下几点：
    1.添加免疫增强剂。在鸭群饲料或饮水中添加寡聚糖、黄芪多糖、维生素C、β-葡聚糖、左旋咪唑等免疫增强剂，可直接或间接提高鸭群的免疫水平；或通过增殖双歧杆菌等有益菌，提高鸭群的体液和细胞免疫能力，从而提高机体产生免疫抗体的水平。
    2.加强应激驯化。在不同的饲养阶段，有计划地对鸭群进行低强度应激刺激，提高鸭群的抗应激能力，从而增强鸭群非特异性抗病能力。
    3.确保营养全面。维生素A、维生素B、维生素E和硒、锌等微量元素的缺乏会影响鸭群的免疫力，因而在不同的饲养阶段，供给鸭群充足全面的营养，使鸭群处于健康状态，是确保鸭群免疫效果的一个重要前提。
    二、加强高产期疫病防治
    产蛋期是种鸭养殖的关键时期，直接关系到养殖效益的好坏。由于种鸭在高产期使用高能饲料，营养转化快、消耗大，鸭群容易疲劳，抗病、抗应激能力下降，易发病。鸭高产期易发病，需从多个方面进行防控。
    1.减少应激。加强饲养管理，确保营养充足，尽量保持鸭群处于平稳、良好的生产环境中；同时，使用寡聚糖、黄芪多糖、巴尔麦氏等能提高免疫力的添加剂。
    2.降低脂肪肝发生率。种鸭在产蛋中后期，普遍具有不同程度的脂肪肝症状，主要是因为生产鸭群使用玉米等高能量饲料较多，肝脏负荷大。可根据种鸭长期使用高能量日粮的特点，通过在日粮中添加胆碱、维生素B12、维生素E等来避免或减轻本病的危害。
    3.谨防黄病毒感染。前两年国内出现的鸭黄病毒感染，对种鸭养殖是个重大打击，该病主要引起种鸭、蛋鸭产蛋率大幅下降，甚至绝产；剖检病变以卵泡出血、坏死、变性为主，其他无明显变化。目前该病无特效治疗药物，应采取封闭饲养等综合性防控措施；对发病鸭群使用鸭疫快克、黄芪多糖等药物，可缩短发病时间，加快鸭群恢复生产。
    4.减少霉菌毒素中毒。水禽养殖场所空气湿度大，如果饲料保存不当很容易发霉。霉菌及其毒素会直接或间接导致鸭群发病，影响其生殖系统发育。对于出现明显临床症状的病例，如鸭霉菌性肺炎，很容易进行诊断和治疗；但养殖户较易忽视霉菌毒素引起的鸭群亚健康状态。低水平的霉菌毒素能损伤鸭的生殖系统、降低免疫效果、诱发各种疾病。生产过程中，可通过使用酵母细胞壁多糖、黏土、硅铝酸盐以及市场上商品化的脱霉制剂来减少霉菌毒素的危害。