消毒前不做机械性清除消毒药物作用的发挥，必须使药物接触到病原微生物，但被消毒的现场会存在大量的有机物，如粪便、饲料残渣、畜禽分泌物以及其他污物。消毒药被大量的有机物所消耗，严重降低了对病原微生物的作用浓度，因此，彻底的机械清除是有效消毒的前提。机械清除前应先将可拆卸的用具如食槽、水槽、笼具、护仔箱等拆下，运至舍外清扫、浸泡、冲洗、刷刮，并反复消毒。
    石灰消毒使用方法随意新出窑的生石灰是氧化钙，加入相当于生石灰重量70%－100%的水，即生成疏松的熟石灰，只有这种离解出的氢氧根离子具有杀菌作用。有的场、户在入场或畜禽入口池中，堆放厚厚的干石灰，这起不到消毒作用。也有的用放置时间过久的熟石灰做消毒用，但它已吸收空气中的二氧化碳，变成没有氢氧根离子的碳酸钙，已完全丧失杀菌消毒作用。使用石灰消毒最好的方法是加水配制成10%－20%的石灰乳，用于涂刷畜舍墙壁1－2次。
    把饮水消毒当作消毒药水饮水消毒实际是对饮水的消毒，畜禽喝的是经过消毒的水，而不是喝的消毒药水。如果任意加大水中消毒药物的浓度或长期饮用，除可引起急性中毒外，还可杀死或抑制肠道内的正常菌群，对畜禽健康造成危害。所以饮水消毒应该是预防性的，而不是治疗性的。
    选用消毒药图方便省事使用消毒药有时要调换不同类型的药物。调换消毒药要根据消毒对象、目的、疫病种类，以及使用方法而决定，不能任意调换，既要考虑对病原微生物的杀灭作用，又要考虑对人畜无害。有些药应严格按要求配制后使用，不可图一时方便省事，使用可能没有消毒作用的药。