种蛋在孵化前期，养殖户需保证种蛋干净，因此对种蛋需进行消毒：
    (1)种蛋消毒：种蛋孵化前可用0.1%高锰酸钾或0.02%的新洁尔灭溶液浸泡消毒，也可用福尔马林蒸气熏蒸30分钟消毒。操作方法是每立方米容积用福尔马林14毫升，高锰酸钾7克，常水7毫升，熏蒸30分钟。也可每立方米容积用过醋酸1克，熏蒸20-30分钟。
    土鸡种蛋消毒程度。蛋产出后会或多或少地污染，蛋壳上会附着很多细菌，随时间的推移，细菌数量迅速增加，有些细菌通过蛋壳膜进入壳内，污染种蛋。因此，必须对种蛋进行认真消毒，而且越早越好。种蛋消毒方法很多，但效果最好、最常用的还是用甲醛熏蒸消毒法。
    (2)孵化器、蛋箱、蛋盘消毒：先用0.1%新洁尔灭或0.2-0.5%过醋酸溶液浸泡，再在封闭室内20℃条件下，用福尔马林熏蒸5-10小时，每立方米容积用福尔马林14毫升，高锰酸钾7克，水7毫升。