鸡舍使用的久了必定会滋生许多细菌病菌等，细菌病菌积攒的多了必定会引发疾病，为避免鸡发生疾病，养殖户需定期清理鸡舍及养殖设备，具体操作如下。
    1.干式
    清理粪便及垫料。将接粪板上的鸡粪尽可能刮干净（可以使用电动刮刀等）。此外，清除鸡舍地面、鸡粪槽等处得鸡粪及垫料。
    鸡舍内的清扫。用刷子、笤帚、吸尘器、清洁布等将屋顶、照明、大梁、横梁，侧壁、鸡笼、换气扇、换气口、通风口等出的灰尘及污物清理干净。作业先上到下，固着的污物用铁刷子清理干净。
    喂料设备的清扫。将鸡舍清空之后，将喂料线上的剩余饲料全部清理干净，特别是料槽、传送链条拐角、料斗等处残留的饲料清理干净。清理时，使用真空吸尘器、鼓风机、铁刷子等。此外，在喂料链的下方，插入附有研磨用具的木片，让链条运转，清除固着的饲料残渣。
    鸡蛋收集设备的清扫。打开将鸡蛋运出鸡舍的传送带的点检口，清除此处的灰尘及鸡蛋残渣等，且将损坏的部件及清扫困难的污浊部件去除。取下收集鸡蛋用的传送带，清除粘在两面上的污物。
    地面的清扫。水泥地面，相对于泥土地面很容易清扫。将鸡粪，垫料清理之后的地面，特别是四周、出入口、通道、角落等处，通过手工作业进行充分清扫。鸡蛋储藏室、空调机房、休息室、厕所、仓库等处得所有污物及没有的物品全部清除，并打扫干净。
    2.湿式
    清洗。水洗作业，包括浸泡、清洗、涮洗。为了有效除去固着的污物帮助清洁剂有效渗透，在清洁剂中加入界面活性剂。清洗时的水量定为每平方米面积6升以上水量。清洗时，使用蒸汽清洗器及动力喷雾器等，只采用水流加压的情况下，肉眼观察干净了，但清洗后的细菌数的减少只有1/10左右。与之形成对照的是，使用刷子等刷洗时，细菌数能减少到1/100，并且，鸡舍地面、给水器，接粪便的板子，清除粪便的用具等污染严重的器物在用水冲洗的同时，应用刷子刷洗。
    清扫、清洗。将鸡舍内的鸡（包括死鸡及笼子外面的鸡）全都清理出去。在清空鸡舍的同时，对有可能成为病原微生物的媒介的老鼠，卫生害虫进行驱除。清洗、消毒作业开始前，切断所有电源。鸡舍内不能移动的电机、开关等，用鼓风机吹风，用刷子刷等方法清扫鸡舍之后，为防止进水，用塑料罩对抗电源设备进行遮盖，用胶布封口。细菌在污物堆积和潮湿情况下很容易繁殖，所以在清扫之后，迅速按照低压为1 378.4~2 068.5千帕（14~21千克/平方米）的方法进行水洗作业。若用喷雾器，按照40~120升/分钟的标准喷雾。
    清洗作业。按照合理的先后顺序进行清洗，从后到前，最开始是屋顶，然后是墙壁，最后是地面。不容易清洗到得地方，使用喷嘴或喷雾器的辅助工具。将屋顶、墙壁、通道及楼道拐角平台、集蛋器辊轮、运送鸡蛋的传送带、交叉皮带、传送带下面的地面、粪槽台阶，外台阶、水泥粪槽的地面等彻底清洗干净。一般来说，清洗时，使用1379.3~13793.0千帕的水压，但是最好使用5172.4~13793.0千帕水压。要注意的是，高水压可能对人造成伤害，使用之前，应按照机械制造企业的使用说明书使用，应注意安全。清洗的时候，不要局限于表面，槽里面、传送链的内侧等处的污物也要清理干净。特别是运送鸡蛋的升降机，要特别注意，应从所有角度点检污浊情况，将粪槽的底部及辊轮的内侧等处的，因为破蛋形成的污浊清理干净。仓库、贮蛋室、鸡蛋冷却设施、走廊、休息室、厕所等也要清洗干净。只有在用高压水枪无法清洗的地方，采用手洗。
    冲洗作业。最终的冲洗作业，是为了将设施充分清洁干净，或者将使用过的清洁剂冲掉的目的而实施。对有可能促进细菌类的发育的不干净的清洗用水的残留积水，尽可能迅速清除。