自从20世纪40年代发现磺胺类药物可以抗球虫以来，已经开发出50多种抗球虫药物，这些药物已大部分在我国得以应用，但由于过分地依赖药物，使得抗球虫药物在生产中引起的问题越来越多。
    1.过分依赖药物。滥用抗球虫药物，加速了球虫耐药性的产生，缩短了药物使用周期；抗球虫药残留于鸡肉中，降低了肉品品质，威胁人类健康；增加了养殖户的药费开支，降低了养殖效益。
    2.消毒措施缺陷。目前国内无专用于球虫的消毒剂，火焰消毒和热碱水消毒因存在过多的缺点而难以被推广应用，所以针对球虫的消毒措施成为国内有效控制球虫病的关键。
    3.用药方案混乱。轮换和穿梭用药是防治球虫病最为理想的用药方案，可以有效避免耐药性的产生，但该方案并没有在养殖户中得到普遍推广应用。一部分养殖户根本无用药方案可谈，一种药物使用效果好了，就长期使用，不再轮换，更不穿梭。也有一些兽药厂家，为了提高自己产品的治疗效果，扩大市场占有量，盲目地将多种抗球虫药物进行组方，极容易使球虫产生多重耐药性。
    4.忽视饲养管理。预防是控制肉鸡球虫病重要的措施。而预防的关键是搞好饲养管理。鸡舍的温度、通风、湿度、光照以及各种应激控制不好，加剧了球虫病的危害。