传染性法氏囊疫苗，一般都用于滴鼻、点眼、滴嘴免疫。灭活苗则皮下注射。

但是在冻干苗稀释过程中一定要注意，最好要使用专门的疫苗稀释液。如果采用地下水或自来水必须要考虑到水中矿物质的存在，如氯离子，可以使用凉白开，或者静置在塑料器皿中6小时以上再稀释疫苗。灭活苗则要达到常温并摇匀后才能使用。

免疫时机的选择也是法氏囊免疫成功的关键，最佳的免疫时机要根据母源抗体的高低和活疫苗毒株的种类而定。一般而言，母源抗体对雏鸡的有效保护时间为7-14天，另外，活疫苗毒株的种类也影响免疫效果。强毒力、中毒力和无毒力的毒株突破母源抗体的能力是不同的。