1　兽药残留危害
1. 1　毒性反应
长期食用兽药残留超标的食品，在体内蓄积的药物浓度达到一定量时，会对人体产生多种急慢性中毒。如人体对氯霉素反应比动物更敏感，特别是婴幼儿的药物代谢功能尚不完善，氯霉素超标可引起“灰婴综合症”；四环素类药物能与骨骼中的钙结合，抵制骨骼和牙齿的发育；磺胺类药物能够破坏人体造血系统，引起贫血，粒细胞、血小板减少。
1. 2　急性中毒
以前常发的兽药残留引发的危害多是过敏反应。一些抗生素，如，青霉素类、磺胺类、四环素类及某些氨基糖苷类抗生素，由于具有抗原性，可刺激机体产生抗体，一些过敏个体在接触这些药物的残留后，容易引起过敏反应，表现为瘙痒、红疹、头痛等症状。盐酸克伦特罗在动物的内脏有较高残留，人体食入100～200 g肝脏或肺脏时，会产生心悸、心动过速、冷汗、肌肉震颤和四肢发麻无力等急性中毒症状。
1. 3　“三致”作用
研究发现许多药物具有致癌、致畸、致突变等作用，如雌激素、克球粉、砷制剂、喹恶啉类、硝基呋喃类等已被证实有致癌作用；磺胺二甲嘧啶等磺胺类药物连续给药中能诱发啮齿动物甲状腺增生，有致肿瘤倾向；丁苯咪唑、丙硫咪唑和苯硫氨脂有致畸作用；喹诺酮类药物的个别品种发现有致突变作用。这些药物残留超标无疑会对人类产生潜在的危害。
1. 4　诱发耐药菌株的产生
动物机体长期反复接触某种抗菌药物后，其体内敏感菌株受到选择性抑制，从而使耐药菌株大量繁殖。此外，抗药性R质粒在菌株间横向转移使很多细菌由单重耐药发展为多重耐药，耐药细菌的产生使得一些常用的药物的疗效下降，甚至失去疗效。同时，抗菌药物残留于动物源食品中导致人体耐药菌增
加。目前，无论动物体内，还是人体内细菌的耐药性已经达到了非常严重的程度。导致临床上抗菌药物的标准给药剂量已经不能达到防病、治病的作用，需大剂量使用方有效果，使医药费用不断加大。
1. 5　中草药使用误区
由于西药导致的残留问题不断发生，因此，人们改为使用传统中草药，并称之为“绿色兽药”。但事实并非如此，在许多中兽药成方散剂中作为主要成份的马蔸铃科的中草药关木通和广防已，其残留能损伤人体的肾脏，严重的能导致肾衰竭。
2　生态环境质量
兽药及其代谢产物通过尿、粪便进入环境中后仍能稳定存在，因此，对生态环境产生影响。如伊维菌素主要通过粪便和乳汁排泄，对低等水生物、土壤中的线虫及环境昆虫存在较高的毒性作用；有机砷制剂用为添加剂，大量使用后随排泄物和残留进入土壤，导致土壤中的蚯蚓等动物种群产生不利影响，使敏感种群减少或消失；抗球虫药常山酮对水生动物（如：鱼、虾）产生剧毒；已烯雌酚、氯羟吡啶在环境中降解很慢，能在食物链中高度富集残留超标。
3　畜牧业发展
我国畜产品产量很大，但出口量却很小，如肉类出口量占总产量的1% ，化学药物残留超标是限制出口的一个很重要的原因，如不重视药物残留控制，最终也必将阻碍畜牧业的发展，更重要的是损害百姓身体健康。长期滥用药物严重制约着畜牧业的健康持续发展。如长期使用抗生素能造成畜禽机体免疫力下降，影响疫苗的接种效果，还可引起畜禽内源性感染和二重感染，使得以往较少发生的细菌病（大肠埃希菌、葡萄球菌、沙门氏菌）转变
为畜禽的主要传染病，降低了畜禽的成活率，降低了肉产品的质量，因此达不到欧盟兽药残留的要求，也成为我国畜产品向发达国家出口而全面受阻的原因之一。