根据所要预防疫病的发生特点和鸡群的实际情况选用疫苗，并按疫苗的免疫特性来安排预防接种的日龄、次数和方法，这就是所谓的免疫程序。应根据当地疫病发生和流行情况，科学制定免疫程序，免疫后监测免疫抗体水平。因各地疫病情况不一样，目前，尚无统一的免疫程序标准。推荐免疫程序如下。
(1) 肉鸡免疫程序：1日龄,马立克氏疫苗颈部皮下注射。5日龄，新城疫-鸡传染性支气管炎二联苗滴鼻点眼。10～12日龄，禽流感灭活苗皮下注射。14日龄，鸡传染性法氏囊病疫苗饮水。25日龄，新城疫弱毒疫苗饮水。30日龄，鸡痘弱毒苗剌种（夏季在20日龄左右刺种）。
(2) 蛋（种）鸡免疫程序：1日龄，马立克氏疫苗颈部皮下注射。5日龄，新城疫-鸡传染性支气管炎二联苗滴鼻点眼。12日龄，鸡传染性法氏囊病疫苗饮水。15日龄，禽流感灭活苗皮下注射。18日龄，鸡痘苗剌种。21日龄，鸡传染性法氏囊病疫苗饮水。     25日龄，新城疫-鸡传染性支气管炎疫苗滴鼻点眼。35日龄，传染性鼻炎疫苗颈部皮下注射。40日龄，传染性喉气管炎疫苗饮水。70日龄，鸡传染性支气管炎疫苗饮水。80日龄，鸡传染性喉炎疫苗饮水。90日龄，禽流感疫苗皮下注射。110日龄，传染性鼻炎疫苗肌肉注射。120日龄，新城疫-鸡传染性支气管炎-产蛋下降综合症灭活苗注射。

种鸡的免疫程序在上述蛋鸡的免疫基础上增加以下项目：90日龄，脑脊髓炎疫弱毒苗饮水。105日龄，支原体灭活苗肌肉注射。为提高雏鸡的抗体水平，种鸡在饲养过程中，要增加新城疫-鸡传染性支气管炎、传染性法氏囊炎、禽流感的免疫次数。