本病在所有的鸡场都有发生危险性。所以在饲料中添加药物做预防。已成为常规措施。据调查，雏鸡暴发肠球虫病大多是在3-6周龄，少数在2周龄，发生毒害艾美耳球虫病，即小肠型球虫病是在6周龄以上，为此，预防球虫病可以以雏鸡15日龄开始投予抗球虫药物，连续投药至60日，是行之有效的。
   
    抗球虫药物的种类已有40-50种，近期国内外已筛选出30多种可供应用。但养鸡者必须了解球虫对药物会产生抗药性的。任何一种有效地药物长期应用也会变得无效。所以要轮换联合使用，现介绍几种药物预防和治疗球虫病的使用方法。
   
    1.英能菌素。用于预防初生雏鸡和中雏的球虫，用药方法以是以0.008-0.01％的用量混于饲料中，从15日龄始连续喂至60日龄。
   
    2.氯苯胍。广谱抗球虫药，疗效高，毒性小，抑制卵囊的发育。每吨饲料拌入32克混均，连饲1-2个月。有较好的预防和治疗作用。
   
    3.氨丙林。毒性小，疗效高，用于预防每公斤饲料添加40-250毫克。从15日龄连续喂至60日龄。用于治疗，每公斤饲料添加500毫克，连用5天，以后减为250毫克，连用10天。或以0.006％-0.024％浓度饮水，连饮7天，以后半量饮14天。
   
    4.硝苯酰胺。对殖子有强大的抑制作用。用于预防每公斤饲料中拌入，幼雏80-125毫克，中雏60-80毫克，大雏40-60毫克，对暴发性球虫病以0.025％－0.030％混饲，连用3-5天。
   
    5.克球多。对原虫发育初期的子孢子和营养体均有抑制作用，可杀来鸡各台疗雏鸡，每公斤饲料拌入80-12毫克。
   
    除了用药，专家正在致力于免疫控制球虫病，虽然到目前为止尚未大面积推广应用，但应用单克隆抗体和重组DNA进行免疫控制是防禽球虫病的一条新途径。