病鸡精神沉郁，羽毛蓬松，头卷缩，食欲减退，嗉囊内充满液体，鸡冠和可视粘膜贫血、苍白，逐渐消瘦，病鸡常排红色葫萝卜样粪便，若感染柔嫩艾美耳球虫，开始时粪便为咖啡色，以后变为完全的血粪，如不及时采取措施，致死率可达50%以上。若多种球虫混合感染，粪便中带血液，并含有大量脱落的肠粘膜。
    病鸡消瘦，鸡冠与粘膜苍白，内脏变化主要发生在肠管，病变部位和程度与球虫的种别有关。
    柔嫩艾美耳球虫主要侵害盲肠，两支盲肠显著肿大，可为正常的3～5倍，肠腔中充满凝固的或新鲜的暗红色血液，盲肠上皮变厚，有严重的糜烂。毒害艾美耳球虫损害小肠中段，使肠壁扩张、增厚，有严重的坏死。在裂殖体繁殖的部位，有明显的淡白色斑点，粘膜上有许多小出血点。肠管中有凝固的血液或有葫萝卜色胶冻状的内容物。
    巨型艾美耳球虫损害小肠中段，可使肠管扩张，肠壁增厚；内容物粘稠，呈淡灰色、淡褐色或淡红色。
    堆型艾美耳球虫多在上皮表层发育，并且同一发育阶段的虫体常聚集在一起，在被损害的肠段出现大量淡白色斑点。
    哈氏艾美耳球虫损害小肠前段，肠壁上出现大头针头大小的出血点，粘膜有严重的出血。
    若多种球虫混合感染，则肠管粗大，肠粘膜上有大量的出血点，肠管中有大量的带有脱落的肠上皮细胞的紫黑色血液。