鸡坏死性肠炎是由产气荚膜梭菌引起的一种疾病，以排红褐色乃至黑褐色煤焦油样稀粪为特征。容易将鸡坏死性肠炎和鸡的小肠球虫病混淆。急性鸡坏死性肠炎和鸡球虫病的主要区别并不在于血痢，最重要的鉴别点是坏死性肠炎仅小肠的中后段病变，肠管因充气而明显膨胀增粗2～ 3倍，其他肠段无明显变化，而小肠球虫病的病变主要在中段，但肠壁明显增厚，剪开病变肠段出现自动外翻等。此外，还需综合临床症状、病原学检查来作出鉴别诊断。

      魏氏梭菌是鸡肠道的常在菌，检出少量该菌不能诊断为主要病因，特别是对于病死鸡，更要细心诊断，该菌可能是其他病致使鸡只死亡后才侵入增殖。所以在病原学检查时要搞清楚，只有出现大量均匀一致的魏氏梭菌才可能是主要病因，如果有条件做梭菌毒素测定，诊断更准确。单独用产生荚膜梭菌接种来复制本病相当困难，而在很多临床病例的诊断中，都发现有球虫的感染，一些学者认为球虫感染是使产气荚膜梭菌感染和发病的主要原因。