临床和解剖症状针对不同的虫株感染的部位不同，造成的临床和解剖症状也不一样，在临床中，往往几种球虫共同感染。比较常见的球虫有以下几种：

堆型艾美尔球虫

    大体病变：轻度感染局限于十二指肠袢，病变可从浆膜面上观察到，有横纹状的白斑，外观呈梯形。肠道苍白，有白色液体。严重感染时肠壁增厚，肠黏膜上覆盖一层密密麻麻的白色类似“虫体”的物体。

巨型艾美尔球虫

    该虫种一般寄生在小肠中段，从十二指肠袢一直到卵黄蒂附近，但在严重感染时可扩至整个小肠。在小肠中段常见丰富的橙黄色液体和黏膜。小肠松弛，充满液体。

毒害艾美尔球虫

    其病变部位与巨型相似，由于其繁殖力低，故大多见于较大的鸡。感染后常见小肠气肿，黏膜增厚，肠腔充满液体、血液和组织碎片，从浆膜面观察在感染的病灶区有小的白斑和红色淤点。严重感染时，病变可以扩展至整个小肠，引起肠管肿胀和黏膜增厚，从剖检的尸体小肠浆膜面上看，病灶为白色和黑色混合。

柔嫩艾美尔球虫

    又称盲肠球虫，它是鸡球虫中致病力最强的一种球种。死亡发生快，一般在感染的5天～6天。急性感染时从出现症状到死亡仅仅几个小时。对增重的最大影响见于感染后第7天。由于脱水引起的体重下降可迅速得到恢复，但生长将落后，真正的死亡原因尚不清楚，但中毒因素是值得怀疑的。感染后4天出血明显可见，盲肠高度肿大，肠腔中充满凝血和盲肠黏膜的碎片。到感染后6天～7天，最终通过粪便排出。