鸡孵化期胚胎死因主要有：1.孵化前期死亡（1~6天）：种鸡的营养水平及健康状况不良，主要缺乏维生素A、维生素B；种蛋储存时间过长；保存温度过高或过低；种蛋熏蒸消毒过度；孵化前期温度过高或过低；种蛋运输时受剧烈振动。2.中期死亡（7~12天）：种鸡的营养水平及健康状况不良，主要缺乏维生素D、维生素B2；入孵前种蛋未预热；污蛋未消毒或消毒效果差；孵化温度过高或过低；未翻蛋或翻蛋不当；通风不良。3.后期死亡（13~18天）：种鸡的营养水平差，如缺维生素B12；气室小，湿度过高；胚胎如有明显充血现象，说明有一段时间高温；发育极度衰弱表明温度过低；小头啄壳是通风换气不良或小头向上入孵。4.闷死在壳内：出雏时温度、湿度过高，通风不良；孵化后期温度低；胚胎软骨畸形，胎位异常。5.啄壳后死亡：种鸡营养不良；种鸡群感染疾病；如果蛋壳洞口有黏液，是由于高温、高湿；第20~21天通风不良或二氧化碳含量过高；移盘时温度骤降；小头向上孵化；1~14天未翻蛋；20~21天孵化温度过高，湿度过低；在胚胎利用蛋白时遇到高温，使蛋白未吸收完，尿囊合拢不良，蛋黄未吸收等因素。