原种、祖代或父母代种鸡场的任务是为向下一代种鸡或商品鸡场提供高质量的种蛋或种鸡，要求种鸡必须不携带蛋传性疾病(如鸡白痢杆菌病)，并合适的移行抗体，以保护雏鸡。现代大规模集约化高密度的种鸡场，对传染病的传播非常有利，常造成较高的发病率和死亡率，同时也会对下一代的养鸡生产造成很大的危害。另外，营养缺乏和中毒也在不断地发生，对生产具有很大影响。因此，种鸡的疾病净化已成为种鸡生产的关键，它关系到社会养鸡生产水平能否提高及鸡场的声誉和效益。
　　种鸡的疾病复杂，在实际生产中必须狠抓种蛋和种鸡的质量，认真做好禽病检疫和监测工作，及时掌握全场情况，提高认识，以便必要时采取有效措施，进行综合防治。
　　一、环境监测:要定期监测鸡舍内环境，测定舍内空气、器物表面的病原菌、饮水细菌总数和大肠杆菌等卫生指标。应每周检测一次有害气体NH3、H2S、CO2含量，NH3浓度应小于20×10-6;清洁的饮水，pH＜8，每100毫升水中的大肠杆菌数不能超过500个。选用不同鉴别培养基，对孵化设备、鸡舍、种蛋及饲料等进行细菌含量监测，鉴定消毒效果和病菌存在程度，可采用两种方法:(1)取样法:用无菌棉拭子沾无菌生理盐水涂擦检测部位(如鸡体)，接种于培养基上，于37度温箱培养24小时，记录菌数并鉴别细菌。 (2)自然沉降法:置培养基于监测室的有代表性位置，打开平皿盖，让细菌自然沉降30～60分钟后，倒置于37度温箱内，培养24小时，记录菌数并作鉴定。
　　二、流行病学监测:在较大范围内有计划、有组织地收集流行病学信息，为防疫提供依据。当发生疫情时，通过监测本场离群的抗体消长及周围养禽场的发病情况，及时做出反应应，迅速采取果断措施(如封锁、严格消毒等)。
　　三、饲料及药物监测:检查饲料中有害物质，如黄曲霉毒素、劣质鱼粉等，添加的食盐和药物是否超量;检查营养成分是否合理，如钙磷比例、蛋白质、氨基酸和糖等物质是否适当，特别是维生素和微量元素的含量是否正常。为减少无效药物的使用而使抗药菌株的产生和中毒病的发生，对抗菌药应进行药敏试验，以提高药效。药敏试验临诊上常用简便、快速的纸片法，判定结果时，按抑菌圈直径大小作为敏感度高低标准(抑菌圈直径15～20毫米为高敏，10～15毫米为中敏，10毫米以下为低敏，无抑菌圈为不敏感或无效)，应选用高敏药物治疗。
　　四、抗体效价监测:监测抗体效价变化规律以确定适时免疫接种时间和科学免疫接种程序，更有效地预防传染病发生和流行。
　　五、免疫监测:应用相应的监测技术，定期跟踪监测和不定期抽测危害较严重的新城疫、传染性支气管炎、传染性囊病、马立克氏病及传染性喉气管炎、减蛋综合征等常发病的血清抗体水平，了解鸡群健康情况及疫苗免疫效果。对种鸡场进行监测，为预防禽病提供准确信息，有利及时采取果断措施，防止疾病的发生和流行。然而，由于受到各方面条件的限制，鸡场仍会发生危害严重的疾病，导致严重的经济损失。因各场情况不同，发生疾病种类也各不相同，要结合监测结果，采取有效措施，严格执行净化规程。
六、综合性防疫措施
　　1.种鸡场要合理布局:为解决再感染问题，应对种鸡场进行合理布局，按照种鸡不同饲养期，将整个种鸡场划分为育雏、育成、种鸡舍及孵化舍四个不同的独立生产区域，彼此拉开距离，以便在发生疫情时互相封锁隔离。
　　2.加强疾病净化和行政管理:疾病净化是相当复杂的系统工程，不仅仅是禽病工作者的责任，更应将其作为日常行政管理工作:(1)将防疫当作最重要日常管理工作，树立全面、综合的防疫观念。(2)建立以厂长和经理领导的、兽医人员监督执行的、全体人员参加的防疫体系，宣传防疫知识，进行技术培训。(3)制定和监督执行防疫制度。(4)在各种出入口，监督检查人员、车辆、用具的进出。并进行消毒。
　　3.工作人员的净化:工作人员也常成为传播疫病的途径，要加强人体净化:(1)注意人体及饲养人员住所卫生，必须穿工作服工作。(2)坚持岗位负责制，严禁饲管人员乱窜鸡舍，以免造成交叉感染。(3)实行进场人员消毒制，原则上谢绝参观，一切外来无关人员均不得进入种鸡场生产区，本场或需进场的外来人员进场前必须经兽医人员批准并进行消毒、更衣、换鞋帽。(4)鸡场工作人员家中不得饲养家禽和鸟类，严禁从事与家禽有关的商业活动和技术服务，如出诊等。(5)严格管理勤杂人员，加强消毒管理。