鲜蛋出壳率分析的优点是能够以最快的方式估计种蛋的受精率。当种群开始产蛋或如果种群出现疾病或繁殖问题时，这种分析方法就比较有用。受精率可以在蛋产下后测定（而不是等到蛋储藏期后，或者等到孵化期进行照蛋检查甚至孵化结束时进行出壳率分析……很模糊）。例如, 假如种蛋存储用一周时间，而出壳率分析是在孵化结束时进行，那么关于鸡群受精率的信息须在四周后才能获得。在这种情况下，管理措施的改善需要很长时间之后才能做出。然而另一方面，鲜蛋出壳率分析也存在许多缺点。
　　鲜蛋出壳率分析法最大的不足是，它只提供关于受精率的大概信息。仅依靠鲜蛋出壳率分析，无法获得其它繁殖方面的信息，譬如胚胎死亡，种蛋污染，裂纹蛋，受精蛋的孵化率，以及其它许多信息。 另一个缺点是分析步骤需要浪费昂贵的种蛋。不过鲜蛋出壳率分析所用的样本量相对较小。因为要浪费种蛋, 因此样本量很少超过100，也正是因为样，鲜蛋出壳率分析存在预测误差较高的问题，这是第三个缺点。
　　鲜蛋出壳率分析很少能提供充足的样本数，从而导致抽样误差。出壳率分析的其它两种方法需要对几百个蛋样进行分析, 但只需评估存在问题的种蛋。鲜蛋出壳率分析的第四个缺点是，受精蛋与无精蛋的区别比孵化了几天的蛋更困难，当然这也不是什么不可能的事。要想正确区别受精蛋和非受精蛋，必须倒出蛋内容物并且找到胚盘。