由于多种球虫的寄生部位和毒力不同，对鸡肠道的损害程度也有一定差异，因而临床上常出现不同的球虫病例。
　　1.急性盲肠球虫病   由柔嫩艾美耳球虫引起，雏鸡易感，是雏鸡和低龄青年鸡最常见的球虫病，主要侵害盲肠，两支盲肠显著肿大，可为正常的3~5倍，肠腔中充满凝固或新鲜的暗红色血液，盲肠上皮变厚，有严重的糜烂。病鸡表现为精神呆滞，缩头闭眼打盹，很少采食，病鸡排出带有鲜血的粪便。
　　2.急性小肠球虫病  本病多见于30日龄以上鸡及初产鸡，由毒害艾美耳球虫损害小肠中段，使小肠缩短、变粗、臌气，同时整个小肠黏膜呈粉红色。在裂殖体繁殖的部位，有明显的淡白色斑点，黏膜上有许多小出血点。肠管中有凝固的血液或有葫萝卜色胶冻状的内容物。病鸡排出的粪便带血色、稍暗，并伴有多量粘液。由于受损的是小肠，对消化吸收机能影响很大，并易继发细菌和病毒感染。急性小肠球虫病的死亡率比急性盲肠球虫病低一些，但病鸡康复缓慢，并常遗留一些失去生产价值的弱鸡。
　　3.慢性球虫病  巨型艾美耳球虫损害小肠中段，可使肠管扩张、肠壁增厚，内容物粘稠，呈淡灰色、淡褐色或淡红色。堆型艾美耳球虫多在上皮表层发育，并且同一发育阶段的虫体常聚集在一起，在被损害的肠段出现大量淡白色斑点。
　　哈氏艾美耳球虫主要损害小肠前段，肠壁上出现大头针头大小的出血点，黏膜有严重的出血。由这几种球虫混合感染或一种感染引起的症状不是大量血便，迅速导致死亡，而是比较持久的消化机能障碍，称为慢性球虫病。病鸡在感染后4~6天，小肠前段及中段的黏膜上出现许多点状、线状、环状的灰白色坏死灶，从肠管外面亦可见到肠壁弹性丧失，肠黏膜上皮组织脱落，黏膜层变薄。
　　病鸡厌食，大量饮水但仍有脱水症状，排水样稀便，混有未消化饲料，有时也排细长粪条，而且裹有黏液，一般无明显血便。此外，肠壁对胡萝卜素的吸收能力降低，以致维生素A缺乏，腿脚和皮肤褪色。所有这些使病鸡很快消瘦衰弱，体重减轻且恢复比较缓慢，使料肉比增高，经济效益降低。如果感染较重，治疗护理措施未及时跟上，会陆续有一些鸡死亡，累计死亡率也比较高。
　　4.混合感染性球虫  柔嫩艾美耳球虫与毒害艾美耳球虫同时严重感染，两根盲肠显著肿大3~5倍，肠内充满凝固的或暗红色血液，肠上皮变厚并有糜烂。小肠缩短，变粗2~3倍，同时整个小肠黏膜呈淡红色，有很多粟粒大的岀血点和灰白色坏死灶，肠腔内滞留血液和豆渣样坏死物质。肠壁肥厚，内容物粘稠，其它器官基本正常，病鸡死亡率可达100%。
　　根据本病的流行特点、临床症状和肠道病变不难做出初步诊断。由于球虫在肠道中各有一定的寄生部位，因此，根据这个特点，可以作为鉴定球虫种类的参考，确诊时可进行室验室检查：取病鸡一小块粪便，用生理盐水稀释后，滴在载玻片上放入显微镜下观察，或取肠黏膜触片或刮取肠黏膜涂片镜检，可发现圆形物或边上有一层亮环的瓜子样物——球虫卵囊。