有针对性地用药  各种球虫对不同的抗球虫药的敏感性不同，应及早确定主要致病虫种，以便选用有针对性的抗球虫药。
　　根据不同的预防对象合理用药  肉鸡生长周期短，要求在最短的时间内，用最少的饲料生产最多的鸡肉。所以肉鸡采用在整个生长期中持续应用抗球虫药，以免产生暂时性的生长率和饲料报酬下降；蛋鸡、种鸡生长周期长，为了安全和经济起见，可考虑建立球虫自然免疫力，既在饲料中加入低于肉用仔鸡用药浓度的抗球虫药，连用6~12周。一般在14周龄后停药，使鸡经历一次“控制性”球虫感染，使其在不发病、不致死情况下产生足够的免疫力。
　　反复换药和变更用药  反复换药是指在同一批鸡进出中更换抗球虫药；变更用药指在两批鸡进出中更换抗球虫药，这样可预防球虫产生抗药性。产生抗药性后，多数情况下并不明显增加死亡率，而是大幅度地降低饲料报酬和生产性能。
　　减少药物残留  在蛋、肉品中往往残留微量抗球虫药及其代谢产物，长期食用可影响人体健康，故国际有关组织对畜产品中抗球虫药及其代谢产物的含量做出了限制性规定，并根据用药后不同时间的残留量规定了各种抗球虫药的停药期。
　　另外，治疗球虫病时，常大量使用磺胺类药，容易损坏肾脏，因此在治疗球虫病时要使用解肾药，修复肠道药，使鸡群尽快恢复健康。
　　2.治疗方法
　　急性盲肠球虫病的治疗：以30%的磺胺氯吡嗪钠为代表的磺胺类药物是治疗本病的首选药物。按鸡群全天采食量每100千克饲料200克饮水，4~5小时饮完，连用三天。
　　 急性小肠球虫病的治疗：以球痢清[盐酸氨丙啉20克+乙氧酰胺苯甲酯1克+磺胺喹噁啉12克，兽药添字（2006）151421368，山东福美乐动物药业有限公司 ]为代表的复合磺胺类药物是治疗本病的首选药物，另外加治疗肠毒综合征的药物同时使用，效果更佳。
　　慢性球虫病的治疗：以尼卡巴嗪、妥曲珠利、地克珠利为首选药物，配合治疗肠毒综和征的药物同时使用，效果更好。
　　混合球虫感染的治疗：球痢清配合治疗肠毒综合征的药物饮水，连用2天，晚上用健肾、护肾饮水。